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HPC5 per EXSCALATE4CoV

Eni è impegnata nel progetto europeo EXSCALATE4CoV per individuare farmaci più sicuri e promettenti nella lotta al Covid-19.

La tecnologia

HPC5, il nostro supercomputer, è l’infrastruttura industriale di supercalcolo più performante al mondo, capace di raggiungere una potenza di elaborazione di 51,7 Petaflop/s di picco. Combinandosi col predecessore HPC4, tutt’ora operativo, il sistema raggiunge il record di 70 Petaflop/s e cioè 70 milioni di miliardi di operazioni matematiche svolte in un secondo. Grazie ai suoi 3400 nodi di calcolo e alle oltre 10.000 schede grafiche, HPC5 può elaborare in parallelo enormi quantità di dati mantenendo molto ridotto il consumo di elettricità. La macchina è stata pensata e realizzata per l’industria energetica, per accelerare lo sviluppo di idee innovative riducendo enormemente i tempi di calcolo. Uno degli ambiti in cui viene utilizzata è la modellistica molecolare e cioè lo studio delle molecole attraverso l’uso di modelli matematici in grado di simulare le loro caratteristiche. Scienziati ibridi con competenze in chimica, fisica e matematica, i modellisti molecolari, utilizzano complessi algoritmi sviluppati da appositi programmi per simulare le molecole al computer, senza bisogno di produrle e studiarle fisicamente in laboratorio. In questo modo si possono studiare le caratteristiche e le proprietà di molecole note o persino prevedere come si comporteranno altre ancora sconosciute. Applicati all’energia, supercalcolo e modellistica molecolare possono individuare sostanze foto-attive più efficienti per il Fotovoltaico Organico (OPV) o per i Concentratori Solari Luminescenti (LSC). Applicati alla medicina e alla farmacologia, possono scoprire nuove cure.

Il contesto

La diffusione del virus SARS-CoV2, responsabile dell’infezione COVID-19, sta mettendo a dura prova l’intero pianeta. Per questo è importante unire le forze e contribuire tutti insieme alla ricerca di soluzioni per vincere questa sfida globale. L’integrazione delle capacità di HPC5 con le competenze dei modellisti molecolari può offrire un contributo concreto nella lotta all’emergenza sanitaria. In questo contesto abbiamo stretto una collaborazione all’interno del progetto europeo EXSCALATE4CoV, acronimo di EXaSCale smArt pLatform Against paThogEns, per individuare i farmaci più sicuri e promettenti nella lotta al Coronavirus. Il progetto è guidato dall’azienda biofarmaceutica italiana Dompé che, per questo scopo, aggrega diciotto istituzioni e centri di ricerca in sette paesi europei, fra i quali il Cineca di Bologna.

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SUPERFACTS#5- Supercomputer Vs virus

La sfida tecnica

Nell’ambito del progetto europeo EXSCALATE4CoV, in collaborazione con Cineca, mettiamo a disposizione la potenza di calcolo di HPC5 e la nostra esperienza nell’ambito della modellistica molecolare. L’obiettivo comune è condurre simulazioni di dinamica molecolare delle proteine presenti sulla superficie di SARS-CoV-2, le quali giocano un ruolo chiave nel meccanismo di infezione del virus. Questo lavoro sarà fondamentale per procedere alla fase successiva dell’attività guidata da Dompè e cioè lo screening di 10.000 principi attivi dei composti farmaceutici oggi noti, in modo da individuare quelli più efficaci nel bloccare il virus. Se questa ricerca andrà a buon fine avremo a disposizione un farmaco già clinicamente testato e quindi immediatamente disponibile. La modellazione molecolare impiega calcoli molto complessi che richiedono una potenza di elaborazione enorme. Senza il supporto di un potente supercomputer, servirebbero anni per portare a termine i calcoli necessari. Utilizzando HPC5, invece, contiamo di riuscire a studiare le circa trenta proteine presenti in SARS-CoV-2 entro pochi mesi. Se per simulare il comportamento di una singola proteina utilizzando HPC4 ci sarebbero voluti due mesi, impiegando HPC5 bastano circa dieci giorni. Fortunatamente la corsa al supercalcolo non si ferma mai, basti pensare che HPC4 era il computer più potente al mondo fino all’anno scorso e che HPC5 ha quadruplicato la sua potenza. Il nostro supercalcolatore ha anche il vantaggio di essere l’hardware ideale per supportare Gromacs, il programma open source utilizzato per le simulazioni di dinamica molecolare. Questo software, infatti, procede suddividendo le modellazioni in più calcoli paralleli: la configurazione ideale per sfruttare al meglio le 7280 GPU di HPC5.

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SUPERVELOCE#2 - Insieme nella ricerca, la collaborazione fa la forza

Integrazione industriale

HPC5 è nato dalle energie di oggi per accelerare lo sviluppo delle energie di domani. La sua potenza di calcolo si è già rivelata fondamentale per individuare e studiare in modo più veloce e accurato nuovi giacimenti di olio e gas, ma anche per sviluppare tecnologie innovative per la generazione da fonti rinnovabili come ISWEC, che produce elettricità dal moto ondoso. Le energie rinnovabili sono proprio l’ambito in cui il supercalcolatore ha già rivelato la sua utilità nella modellazione molecolare, poiché la macchina ha già aiutato i modellisti a individuare i composti foto attivi più adatti ai Concentratori Solari Luminescenti (LSC) e al Fotovolatico Organico (OPV). Utilizzare HPC5 anche per la ricerca farmacologica ci permetterà di confrontarci con sfide ancora nuove e di sviluppare, quindi, competenze sempre maggiori nella modellistica molecolare. Grazie alla nostra partecipazione al progetto EXSCALATE4CoV, infatti, stiamo raccogliendo un grande bagaglio di esperienza e una preziosa rete di relazioni in un ambito sempre più strategico anche per l’industria dell’energia.

L'impatto sulla comunità

La modellistica molecolare applicata alla ricerca farmacologica offre due grandi vantaggi: la velocità con cui si può individuare un nuovo farmaco e la possibilità di ridurre i test sui pazienti. Poter studiare e persino prevedere le proprietà farmacologiche e gli effetti collaterali di un principio attivo, ma riducendo i tempi e le difficoltà dei trial clinici è importante in condizioni normali, ma diventa vitale durante un’emergenza come quella che stiamo vivendo. In questo senso, mai come oggi i computer possono avere davvero un volto umano.